Inspirada en la obra de Enrique Metinides, Ciudad de Muertos sigue a Enrique, un fotógrafo de nota roja en la Ciudad de México de los años 50, cuya obsesión por documentar la tragedia comienza a desdibujar los límites entre la realidad y la imaginación. Tras un terremoto que deja la ciudad en ruinas, empieza a experimentar apariciones extrañas, visiones inquietantes y encuentros con un hombre desfigurado que parece seguirlo. En medio del caos, irrumpe Yola, una niña curiosa y enigmática que lo acompaña en un recorrido donde la frontera entre los vivos y los muertos se vuelve cada vez más difusa.